Der Deutsch-Tschechische Zukunftsfonds gewährt seit dem akademischen Jahr 2002/2003 Studienstipendien für deutsche und tschechische Studenten und Studentinnen, die im jeweiligen Nachbarland an einer Universität oder Hochschule studieren wollen. Der Stipendienaufenthalt ist auf zehn Monate festgelegt, insgesamt werden unter den Bewerbern 12 Stipendiaten von einer unabhängigen Fachkommission ausgewählt. Die Antragsfrist wird in der Regel für den 15. Dezember des jeweiligen Jahres festgeschrieben. Im  Verlauf der 2 Semester soll jeder/jede der Stipendiaten im Rahmen des Studiums an einem Projekt arbeiten, das sich durch eine deutsch-tschechische Thematik auszeichnet und dessen Ergebnisse dem Fonds nach Beendigung des Studienaufenthaltes vorgelegt werden können. Ein Stipendium des Zukunftsfonds kann nur dann gewährt werden, wenn es nicht unmittelbar an andere Stipendien oder einen geförderten Studienaufenthalt anschließt.

Außer der Gewährung der eigenen Stipendien hat der Zukunftsfonds als Partnerorganisation  der Deutschen Bundesstiftung Umwelt (DBU) in den Jahren 2003 - 2008 administrativ das DBU-eigene Stipendienprogramm betreut. Dieses ist für qualifizierte Absolventen tschechischer Hochschulen bestimmt und ermöglicht sechs- bis zwölfmonatige Aufenthalte an fachwissenschaftlichen Arbeitsstellen in der BRD.