Auftrag des Zukunftsfonds ist es, auf vielfältige Weise die Verständigung zwischen Deutschen und Tschechen zu fördern, die Zahl der beidseitigen Begegnungen zu erhöhen und die Formen der Zusammenarbeit durch die Unterstützung von gemeinsamen Projekten zu erweitern.

Der Deutsch-Tschechische Zukunftsfonds (im Folgenden: der Zukunftsfonds) ist als zwischenstaatliche Institution ein konkretes Ergebnis der Deutsch-Tschechischen Erklärung vom 21. Januar 1997. Mit der Unterzeichnung der Satzung durch die deutsche und die tschechische Regierung wurde der Zukunftsfonds am 29.12.1997 nach tschechischem Recht als Stiftungsfonds mit Sitz in Prag gegründet. Zum ersten Mal wurde er bereits am 31.12.1997 in Prag registriert. Aufgrund der Bestimmungen eines neuen tschechischen Gesetzes über Stiftungen und Stiftungsfonds fand eine weitere definitive Registrierung am 25.3.1999 statt.

Zur Finanzierung seiner Aufgaben im Zeitraum 1998-2007 erhielt der Zukunftsfonds von beiden Regierungen insgesamt 84.886.389 EURO (165 Millionen DM), die ihm während der ersten vier Jahre seiner Existenz als Einnahmen zuflossen. Die Tätigkeitsperiode des Zukunftsfonds war vom Verwaltungsrat zunächst auf 10 Jahre angelegt gewesen. Aufgrund einer Vereinbarung zwischen den Regierungen beider Länder im Jahre 2007 wurde das Stiftungsvermögen des Deutsch-Tschechischen Zukunftsfonds jedoch weiter aufgestockt. Die Bundesrepublik Deutschland stellte in der ersten Rate 7,5 Millionen € und die Tschechische Republik 75 Millionen Kč zur Verfügung. Im Zuge der Bewilligung beider Staatshaushalte zahlte die deutsche Seite im Jahre 2008 noch 5 Millionen € und die tschechische Seite 75 Millionen Kč in den Fonds ein. Damit kann der Deutsch-Tschechische Zukunftsfonds seine Fördertätigkeit für weitere zehn Jahre fortsetzen. 

Im Einklang mit der Satzung wurden im Oktober 1998 vom Verwaltungsrat 90 Millionen DM für das sogenannte Sozialprojekt (Projekt der humanitären Hilfe für die Opfer nationalsozialistischer Gewalt) bewilligt, die über einen Zeitraum von zehn Jahren an die Opfer ausbezahlt wurden. Diese Zahlungen sind nun abgeschlossen.

Die übrigen Mittel des Zukunftsfonds sind nach Abzug der Verwaltungs- und Gehaltskosten (vgl. Satzung Artikel 4.4) für zukunftsorientierte Projekte zu verwenden – siehe Förderbereiche.  

Als eines der wichtigsten Projekte wird aus den Mitteln des Zukunftsfonds das Deutsch-Tschechische Gesprächsforum finanziert, dessen Beirat seit Anfang 2005 einen deutschen und tschechischen Vorsitzenden hat und aus jeweils bis zu 10 Mitgliedern besteht. Bei jährlichen Konferenzen werden Themen von deutsch-tschechischer Relevanz diskutiert.

Der Zukunftsfonds war als Partnerorganisation der Bundesstiftung „Erinnerung, Verantwortung und Zukunft“ auch mit der Bearbeitung von Anträgen und Auszahlungen von Leistungen im Zusammenhang mit der Entschädigung von Zwangsarbeit und anderen Formen nationalsozialistischen Unrechts betraut. Für diesen Aufgabenbereich war eine eigene Außenstelle, das Büro für die Opfer des Nationalsozialismus, zuständig.