Česko-německý fond budoucnosti poskytuje od roku 2002 českým a německým studentům a studentkám studijní stipendia, které jim umožní absolvovat studijní pobyt na vysokých školách v sousední zemi. Stipendijní pobyt je desetiměsíční, z uchazečů vybírá nezávislá komise 12 studentů a studentek, kterým bude stipendium uděleno. Žádosti mohou být podávány do 15. prosince každého roku. V průběhu stipendijního pobytu mají stipendisté Fondu pracovat na projektu s česko-německou tématikou, výsledky tohoto studia musí být po ukončení pobytu předloženy Fondu. Stipendia Fondu budoucnosti nemohou být poskytnuty v případě, že by studijní pobyt hrazený Fondem přímo navazoval na jinými stipendii hrazený pobyt na německé či české vysoké škole.

Kromě vlastního stipendijního programu se Fond budoucnosti partnersky podílel v letech 2003 - 2008 na stipendijním programu DBU (Deutsche Bundesstiftung Umwelt). Tento program je určen pro kvalifikované absolventy českých vysokých škol a umožňuje absolvování šesti- až dvanáctiměsíčního pobytu na vědeckých pracovištích v Německu.