Posláním Fondu budoucnosti je všestranně podpořit porozumění mezi Čechy a Němci. V souladu s jeho stanovami fond poskytuje za tímto účelem finanční podporu partnerským projektům z obou zemí.

Česko-německý fond budoucnosti je mezistátní instituce, jež je konkrétním výsledkem Česko-německé deklarace z 21. ledna 1997. Podepsáním Statutu českou a německou vládou byl založen dne 29.12. 1997 jakožto nadační fond podle českého práva se sídlem v Praze.

Fond budoucnosti obdržel na financování svých úkolů v období 1998 až 2007 od obou vlád celkem 84.886.389 EUR (165 milionů DM), které byly jako příjmy Fondu poskytovány po dobu prvních čtyř let jeho existence. Činnost Fondu budoucnosti byla původně rozvržena na dobu 10 let. Na základě dohody mezi vládami obou zemí v roce 2007 byl navýšen nadační majetek Česko-německého fondu budoucnosti. Česká republika přispěla do fondu první splátkou ve výši 75 mil. Kč, Spolková republika Německo vložila 7,5 mil. €. V roce 2008 byly schváleny dotace ze státních rozpočtů obou zemí, česká strana přispěla dalšími 75 mil. Kč a německá strana 5 mil. €. Díky těmto příspěvkům je zajištěna nadační činnost fondu na dalších 10 let.

V souladu se statutem bylo v říjnu 1998 schváleno správní radou 90 milionů DM na tzv. Sociální projekt (Projekt humanitární pomoci obětem nacionálně socialistického násilí). Tyto prostředky se vyplácely do konce roku 2007.

Ostatní prostředky Fondu se mají po odečtení správních a mzdových nákladů (viz Statut odstavec 4.4) použít na projekty společného zájmu České republiky a Spolkové republiky Německo – viz Partnerské projekty.

Z prostředků Fondu budoucnosti je jako jeden z nejdůležitějších projektů financováno
Česko-německé diskusní fórum, jehož Rada má od začátku roku 2005 jednoho předsedu a 10 členů z každé strany. Na ročních konferencí se diskutují témata, která jsou relevantní pro českou i německou stranu.

Jako partnerská organizace Spolkové nadace „Připomínka, odpovědnost a budoucnost“ byl Fond budoucnosti pověřen zpracováním žádostí a výplatami v souvislostí s odškodněním nucené práce a jiných forem nacistického bezpráví. Tuto agendu měla na starosti zvláštní pobočka – Kancelář pro oběti nacismu.